Finalmente, el interés que había despertado entre los expertos Skara Brae propició que se llevaran a cabo nuevas excavaciones en el lugar, como las emprendidas por el anticuario W. Balfour Stewart, aunque por desgracia también hubo constantes saqueos que obligaron a proteger el yacimiento. Por ello, en 1924, Skara Brae fue puesto bajo la protección de los Inspectores de Trabajo de Su Majestad y, finalmente, en 1927, con la llegada Skara Brae del famoso arqueólogo australiano Vere Gordon Childe y su ayudante, J. Wilson Paterson, el yacimiento fue por fin excavado y estudiado con rigor, rescatándose del olvido uno de los poblados neolíticos mejor conservados de Europa, aunque tampoco se logró arrojar nueva luz sobre su origen ni sobre su posterior abandono.

Aunque algunos de los restos encontrados aún permanecen enterrados, y otros se han perdido con el paso del tiempo, en Skara Brae puede verse aún una decena de casas con una única puerta, que los investigadores atribuyen a dos períodos distintos. Inicialmente, los habitantes podrían haber vivido en casas aisladas, de las que se conservan un par, y en una segunda fase se habrían levantado ocho viviendas similares con losas planas de piedra, perfectamente comunicadas entre sí a través de pasillos cubiertos. Cada casa constaba de una sola habitación con una superficie de aproximadamente 40 metros cuadrados. Entre los muebles de piedra "empotrados" en el interior de cada estancia destaca uno donde, según los arqueólogos, probablemente se almacenaban y exhibían los objetos más importantes de la casa, además de dos camas, un hogar en el centro y unos pequeños depósitos que quizás se utilizaban para preparar algún tipo de cebo para pescar. Los investigadores también creen que el estilo de vida de aquella población era comunal debido al aspecto casi idéntico que presentaban el interior de todas las viviendas.